Bố cục kiến trúc của chùa kiểu “nội công ngoại quốc”, gồm tiền đường, thiên hương, thượng điện và ba mặt là hành lang. Giữa thượng điện là tượng Quan Âm Nam Hải ở thế ngồi, có tám đôi tay, bố trí đăng đối. Phía trước là tượng tứ vị bồ tát ngồi trên tòa sen, khuôn mặt đầy đặn, trang nghiêm. Các pho tượng này đều có niên đại thế kỷ 19. Việc thượng điện đặt ban thờ nổi bật tượng Quan âm cùng tứ vị bồ tát thể hiện tâm lý sùng bái vị thần có nhiều phép cứu giúp chúng sinh trên sông, biển. Đây là đặc điểm khác biệt trong bố cục thờ tự của chùa Hiến so với các nơi khác, nơi nhiều thương nhân trong và ngoài nước đến sinh sống, buôn bán.
Phía trước sân chùa Hiến có hai tấm bia đá lưu giữ nhiều tư liệu lịch sử nói lên quá trình tụ cư của thương cảng Phố Hiến. Mộ tấm bia có niên đại Vĩnh Tộ thứ 7 (1625) ghi việc hưng công tu sửa chùa, có thể xếp chùa vào hàng thứ năm sau bộ “tứ đại khí” thời Lý. Bia ghi nhận “Phố Hiến Nam nổi tiếng là nơi đô hội tiểu Tràng An của bốn phương, ghi lại 20 phường xã và quá trình đô thị hóa của Phố HIến xưa. Tấm bia “Thiên ứng tự - bia ký công đức trùng hưng” dựng năm Vĩnh Thịnh thứ 5 (1709) ghi việc góp công tu sửa chùa, có 481 người có quê quán nhiều vùng khác nhau, trong đó có 56 người Trung Quốc. Qua đó chúng ta có thể hình dung được khung cảnh của đô thị Phố Hiến, nơi hội tụ của nhiều cư dân đến buôn bán.
Bên cạnh Chùa Hiến là Đình Hiến, đình thờ vị quan thái giám họ Du có công lập làng nghề Hoa Dương giúp nhân dân canh tác, buôn bán. Trước cửa có cây nhãn Tổ nổi tiếng. Đây là cây nhãn đường phèn, quả to, cùi dày, hương thơm đặc sắc, có niên đại hơn 300 năm. Theo tương truyền, cứ mỗi mùa nhãn ch&iacut