Phạm Huy Thông sinh ngày 22/11/1916, quê gốc ở làng Đào Xá (còn gọi là Đào Quạt), xã Bãi Sậy, huyện Ân Thi, tỉnh Hưng Yên. Quê hương ông là vùng đất nổi tiếng với nhiều truyền thuyết dân gian và những chiếu chèo sân đình rộn rã một thời. Chẳng biết từ bao giờ, những lời ca ngợi quê hương Đào Xá đã in vào tâm thức và trở thành niềm tự hào của mỗi người con đi xa.
Đào Xá tên gọi là làng
Làng em nhất xã chia làm ba thôn
Làng em đã nức tiếng đồn
cả làng làm quạt bán buôn đủ nghề
Nhiều người đi học, đi thi
Người thì đỗ trạng, người thì vinh hoa...
Truyền thống quê hương, truyền thống gia đình đã sớm tạo ra cho Phạm Huy Thông một nền tảng căn bản và vững chắc. Năm 17 tuổi, ông đỗ tú tài, 20 tuổi trở thành cử nhân luật. Từ năm 1937 đến năm 1945 ông du học ở Phápđậu tiến sĩ luật khoa, tiến sĩ văn khoa, thạc sĩ sử - địa. Trong thời gian ở Pháp ông tham gia các Hội ái hữu Việt kiều ở Paris và Toulouse. Năm 1946, ông được cử làm thư ký cho Bác Hồ và thư ký Hội nghị ở Fontainebleau, rồi làm cố vấn cho phái đoàn Việt Nam thường trú tại Pháp và hoạt động trong tổ chức Việt kiều. Năm 1947 ông được Chính phủ Pháp phong hàm học vị giáo sư, lúc đó ông mới 31 tuổi.Năm 1948 (có tài liệu ghi năm 1949) ông gia nhập Đảng cộng sản Pháp.Năm 1952 ông phụ trách tổ chức Việt kiều hải ngoại.Cũng trong năm đó ông bị trục xuất khỏi Pháp.
Về Sài Gòn hoạt động trong tổ chức đấu tranh đòi hòa bình. Từ năm 1952-1955 Phạm Huy Thông tích cực tham gia đấu tranh chính trị, là Tổng thư ký phong trào vận động hòa bình, nhiều lần bị bắt bớ, giam cầm. Đầu năm 1955, ông bị chính quyền nguỵ Sài Gòn đưa về quản thúc tại Hải Phòng.Khi quân đội ta tiếp quản Hải Phòng, ông được trao trả. Phạm Huy Thông đã tích cực tham gia công tác trong các tổ chức, Mặt trận Tổ quốc, Ủy ban Văn hóa Xã hội của Quốc hội, Ủy ban Bảo vệ Hòa bình thế giới của Việt Nam. Trong lĩnh vực học thuật, ông đã làm hiệu trưởng trường Đại học sư phạm (1956-1967), Phó chủ nhiệm Ủy ban Khoa học Xã hội và Nhân văn, Viện trưởng Viện khảo cổ học (1968-1988).
Trên 40 năm hoạt động khoa học và xã hội, ông đảm đương nhiều chức vụ quan trọng trong các lĩnh vực chính trị, đối ngoại.Với học vấn uyên bác, ông đã cống hiến tất cả tài năng, trí tuệ làm vinh dự cho nền khoa học nước ta, gây tiếng vang đối với nước ngoài.Năm 1987, ông được Viện hàn lâm khoa học Cộng hoà dân chủ Đức bầu làm Viện sĩ.
Phạm Huy Thông biết làm thơ từ sớm, ngay từ thuở 15-16 tuổi ông đã say mê sáng tác văn học và là một trong những nhà thơ mở đầu cho phong trào thơ mới cùng với các nhà thơ Thế Lữ, Lưu Trọng Lư… Trong thơ ca ông là cây bút nổi tiếng về thơ và kịch thơ. Thơ Huy Thông mang cái riêng rất rõ ràng, và cũng chịu nhiều ảnh hưởng thơ lãng mạng phương Tây thế kỷ XIX… Ông cũng là một trong số rất ít những nhà thơ lãng mạn có được hơi thơ khỏe khoắn, mang âm hưởng hùng ca. Các tác phẩm của ông đăng tải ở Hà Nội và Sài Gòn trong những năm 1934-1937 được bạn đọc nhiệt liệt hoan nghênh như “Tiếng địch sông Ô”, “Con voi già”, “Anh Nga”, “Yêu đương”.v.v…
Phạm Huy Thông sáng tác không nhiều, sự nghiệp văn chương của ông tập trung chủ yếu ở những năm đầu của thời thanh niên. Song chỉ chừng ấy thôi cũng đủ để ghi nhận ông là một trong những nhà thơ xuất sắc của những năm 30 của thế kỷ này. Trong bộ “Thi nhân Việt Nam” nhà phê bình văn học Hoài Thanh và Hoài Chân đã nhận xét về ông “Hơi văn mà đến thế thực là bậc phi thường”. Sau năm 1955 hầu hết công trình của ông nghiêng hẳn về nghiên cứu lịch sử và khảo cổ học.Ông đã góp nhiều công trình nghiên cứu sử học, văn học có giá trị về học thuật.
Phạm Huy Thông nghiên cứu khá nhiều lĩnh vực: ngôn ngữ, sử học, khảo cổ học, văn học, đề tựa cho sách dẫn luận nghiên cứu văn học dân gian. Ông đã chỉ đạo biên soạn những bộ ngữ pháp tiếng Việt, từ điển tiếng Pháp cùng các công trình nghiên cứu tư tưởng xã hội Việt Nam. Khi phụ trách Viện khảo cổ học, ông đã chủ trì những công trình nghiên cứu về thời kỳ Hùng Vương dựng nước, về trống đồng Việt Nam, đồng thời là Tổng biên tập tạp chí Khảo cổ học.
Phạm Huy Thông cũng là một người hoạt động quốc tế xuất sắc, từng tham dự nhiều hội nghị quốc tế về khảo cổ học, trình bày nhiều chuyên đề khảo cổ học Việt Nam ở Pháp, Úc, Mỹ, Nhật. Qua đó mà giới khảo cổ học thế giới biết đến và đánh giá cao thành tựu khảo cổ học Việt Nam.
Ông mất ngày 23/6/1988 tại Hà Nội.Để ghi nhận những đóng góp xứng đáng của Phạm Huy Thông, Nhà nước ta đã trao tặng ông Huân chương Độc lập hạng nhất và nhiều huân chương cao quý khác.
Năm 2000, ông được truy tặng Giải thưởng Hồ Chí Minh về công trình nghiên cứu khảo cổ (Con Moong, trống đồng Đông Sơn và 4 bài dẫn luận thời đại Hùng Vương).